Este organismo apareció en funcionamiento públicamente meses antes del golpe militar, actuando en la investigación y represión de una incipiente organización de suboficiales y marinos de Talcahuano dispuestos a defender al gobierno socialista de la Unidad Popular (UP).

Posteriormente al golpe, su actividades se basaron principalmente en las provincias de Concepción - donde utilizó para sus labores represivas la Base Naval de Talcahuano, el Fuerte Borgoño y la Isla Quiriquina - y Valparaíso, donde su centro principal de detención e interrogación fue la Academia de Guerra Naval.