Este organismo habría existido entre mediados de 1975 y principios de 1977. Desempeñó un papel clave en la persecución y eliminación de los miembros del Comité Central del Partido Comunista.

La existencia y actuación del Comando Conjunto fue completamente clandestina, sin ninguna legalidad. Estaba a cargo de coordinar la labor de inteligencia de los distintos servicios de seguridad de las FF.AA y Carabineros.

Al parecer, este Comando Conjunto se formó bajo el alero de la SIFA. Sus bases principales eran los subterráneos de la Academia de Guerra de la FACH (AGA) y diversas casas por todo Santiago. Uno de los últimos recintos secretos utilizados por el Comando Conjunto fue "La Firma", ubicado en calle Dieciocho en Santiago.

El Comando Conjunto estaba constituido por integrantes de las FF.AA., civiles de extrema derecha y por ex integrantes de partidos de izquierda que se convirtieron en colaboradores tras ser torturados.

Se cree que el Comando Conjunto habría trabajado en conjunto con la DINA, incluso formando parte de su equipo operativo. Sin embargo, también existe evidencia que este organismo era independiente de la DINA y que incluso existían conflictos recíprocos entre los dos.

La existencia de este Comando fue revelada en 1984 mediante la confesión del agente y cabo de la FACH Andrés Valenzuela Morales.

Nombres claves dentro del Comando Conjunto: Entre los acusados como autores de asociación ilícita, por la investigación realizada por el Ministro en Visita Carlos Cerda, (posteriormente suspendido de su cargo por dos meses), están:

GUSTAVO LEIGH; general, miembro de la Junta

MARIO VIVERO AVILA; general de la FACH

JULIO BENIMELLI RUIZ; mayor de Carabineros

LUIS CAMPOS POBLETE; comandante de la FACH

CARLOS MADRID HAIDEN; comandante de la FACH

GERMAN ESQUIVEL CABALLERO; teniente coronel de Carabineros

MANUEL AGUSTIN MUÑOZ GAMBOA; capitán

EGARDO CEBALLO JONES; coronel de la FACH

JORGE COBOS MANRIQUEZ; comandante en reserva de la FACH

RUBEN ROMERO GORMAZ; general de Carabineros

ENRIQUE RUIZ BUNGUER; general de la FACH

JUAN SAAVEDRA LOYOLA; coronel FACH

ROBERTO FUENTES MORRISON; comandante de escuadrilla